Situada na região Sul do Estado de Minas Gerais, a história da cidade de São Tomás de Aquino se diferencia das demais cidades circunvizinhas, devido à forma como se deu a sua fundação. Enquanto que as demais cidades surgiram através de uma exploração econômica já existente, a cidade de São Tomás surge a partir da devoção de um sacerdote chamado Cônego Thomás de Affonseca e Silva por um dos maiores doutores da igreja católica, Santo Tomás de Aquino.
Em 1874 o Cônego Thomas é transferido da paróquia de Carmo, em Rio Claro-MG, para a paróquia de Piedade do Mato Grosso do Batatais (hoje Altinópolis-SP). Neste ano um desejo guardado em seu coração toma materialidade quando ele encomenda ao escultor Vespúcio de Bulhões uma imagem do Doutor Angélico Santo Tomás de Aquino para introduzi-la em uma capela e assim desenvolver uma paróquia em nome do santo. Porém, em 1875 ele é transferido para a paróquia de Nossa Senhora da Penha do Rio do Peixe (hoje Itapira-SP), onde permaneceu até o ano de 1883, conservando consigo a imagem. De Itapira ele seria transferido para a paróquia de Queluz-MG, mas em virtude do falecimento do vigário Joaquim Ferreira Teles da paróquia de São Sebastião do Paraíso, o Bispo Dom Lino Deodato Rodrigues de Carvalho o envia para assumir a paróquia paraisense em 1884. No ano seguinte, em contato com o fazendeiro João Thomas de Sant’ Anna, manifestou o desejo de erigir uma capela em devoção ao santo naquela região. Depois de discutirem o assunto, João Thomas juntamente com outros fazendeiros como Jeronimo A. Rodrigues e Clemente Sant’ana resolveram juntos contribuir com o vigário em prol de sua obra. Chegaram a um consenso sobre o terreno e juntos reuniram a quantia de um conto de réis para a compra de 10 alqueires de terras, na fazenda da Fortaleza de propriedade do fazendeiro Jeronimo Alves Rodrigues que por sua vez doou 2 alqueires perfazendo um total de 12.
As escrituras de venda e doação foram passadas no dia 20 de junho de 1885. No dia 08 de julho do mesmo mês, juntamente com centenas de pessoas, celebrou a primeira missa em um templo provisório, lançando a pedra fundamental do povoado. Dois anos depois foi criado o distrito policial em 1887 pelo governo da capital, na época em Ouro Preto. Com o progresso em 1889 o povoado é elevado a curato e em 1890 pelo decreto nº 7 do artigo 2º é elevado à categoria de freguesia de São Thomaz de Aquino, ficando sobre a administração política do município de São Sebastião do Paraíso.
Com um crescimento constante no início de 1911 iniciou o processo de luta pela administração política. Depois de 12 anos de luta em 1923 pela lei de nº 843, finalmente conquista sua autonomia política, sendo elevado categoria de município, assumindo assim as rédeas de sua própria administração. Já no ano de 1953, uma lei municipal alterou a grafia do nome da cidade de São Thomaz de Aquino, para São Tomás de Aquino.