Por volta de 1840, as terras do município de Mococa,pertenciam a Sesmaria do espanhol D. Tomas, e faziam parte da comarca de Mogi-Mirim. Nessa época lavradores de Minas Gerais, atraídos pela topografia favorável do solo e suas riquezas naturais,iniciaram ali uma nova povoação.
No ano de 1846, começou a ser praticada a lavoura do café, que mais tarde tornara-se a principal fonte de riquezas do município.
Desmembrado do município de Casa Branca, criou-se o município de São Sebastião da Boa Vista.
Entretanto nada mais intrigante que seu nome. O capitão-mor, Custódio José Dias, que fora ali caçar empregou a frase “ Olhem aí para a mocoquinha”. MU – significa pequeno; CO – quer dizer esteio; OCA = casa. Portanto referia-se as casas de pequeno esteio do lugar. Passou a ser oficialmente Mococa em 1875.